Biyofiltreler, koku giderim işleminin biyolojik prosese dayalı olduğu bir arıtma yöntemidir. Koku giderim işleminin yapılacağı hava, gözenekli bir medya yatağı içerisinden geçirilir. Bu medya yatağı içerisinde kullanılan medya sayesinde yüksek yüzey alanı sağlanır. Medya üzerinde bulunan mikroorganizmaların istenen verimde çalışabilmesi için uygun pH aralığının ve nem oranının sağlanması önem arz etmektedir. Ortamdaki nemin sağlanabilmesi ve mikroorganizlmaların aktivitelerinin devam edebilmesi amacıyla sisteme su beslenmektedir. Suyun varlığı kirleticilerin havadan suya geçmesi için de önemlidir.
Biyofiltreler büyük kapasiteli atıksu arıtma tesislerinde sıklıkla kullanılırlar. Bu sistemin en büyük dezavantajı kurulumu için geniş alana ihtiyaç duymasıdır. Biyofiltrelerin arıtabileceği kirleticiler çeşitli ve konsantrasyonları yüksektir fakat aşırı yüklere hızlı reaksiyon veremezler. En iyi çalışma alanı giriş konsantrasyonlarının görece sabit olduğu yerlerdir.